Defensio iustitiae et iustificationis monitorii emissi & promulgati per SS.D.N.D. Paulum Papam Quintum XVII die mensis aprilis anno D[omi]ni MDCVI aduersus Ducem & Senatum Reipub. Venetorum super quibusdam statutis & decretis ab eisdem editis contra Sanctae Apostolicae Sedis authoritatem & libertatem ac inmunitatem ecclesiasticam (Valencia, 1607)[1]
Discurso en comprobacion de la santidad de vida, y milagros del glorioso San Iulian, secundo obisbo de Cuenca (Cuenca, 1611)[1]
Consilia seu iuris responsa D. Ioannis Baptistae Valenzuela Velazquez (Naples, 1618)[1]
De status, ac belli ratione seruanda cum Belgis, siueinferioris Germaniae prouincijs. Alijsque a legitimo suorum principum dominio, & obedientia rebellantibus. Discursus, & animaduersiones. D. Ioannis Baptistae Valenzuela Velazquez nobilis Hispani (Naples, 1620)[1]
Consiliorum sive responsorum iuris D. Ioannis Baptistae Valenzuela Velazquez [...] liber secundus cui accessere in calce Additiones ad primum (Naples, 1634)[1]
Discurso que hizo el Señor Dotor don Iuan Bautista Valençuela Velazquez, de el Consejo de su Magestad en el Supremo de Castilla, i su Gouernador Presidente de la Real Chancilleria de Granada, siendo Regente del Consejo Supremo de Italia, sobre la precedencia del dicho Consejo, i Regentes del, al Consejo, i Consejeros de Portugal (Granada, 1634)[1]
Discurso del señor doctor Iuan Baptista Valenzuela Velazquez [...] en razon de las conuenencias que ay para que su Magestad [...] ampare las letras, y professores dellas y no consienta que a los libros se carge alcauala, ni otra imposicion (Seville, 1638)[1]
Acta et scripta varia controuersiae memorabilis inter Paulum V Pontificem Maximum et Venetos (1728)[1]
Memorias sobre el Concilio de Trento (unpublished)[1]