1909 B. Farwick, F. Schröder, A. Thienemann: "Bericht über die botanischen und zoologischen Exkursionen nach dem Weißenstein bei Hohenlimburg und nach der Glörtalsperre am 25. und 26. September 1909." S.-B. naturhist. Ver. preuß. Rheinl. Westf., E 1909: 94–101.
1910 "Die Stufenfolge der Dinge: Der Versuch eines natürlichen Systems der Naturkörper aus dem 18. Jahrhundert." Zoologische Annalen Würzburg 3, 185–274.
1911 "Hydrobiologische und fischereiliche Untersuchungen an westfälischen Talsperren." Z. wiss. Landwirtsch., 41: 535–716. Steglitz. 371.
1911 "Die Verschmutzung der Ruhr im Sommer 1911", in: Zeitschrift für Fischerei und deren Hilfswissenschaften 16 (1912), S. 55–86.
1915 Die Chironomidenfauna der Eifelmaare; Verhandlungen des Naturhistorischen Vereins der preußischen Rheinlande und Westfalens 71
1918 Untersuchungen über de Beziehung zwischen dem Sauerstoffgehalt des Wassers und der Zusammensetzung der Fauna in norddeutschen Seen"; Arch. Hydrobiol. 12, 1 - 65.
1923 "Geschichte der 'Chironomus'-Forschung von Aristoteles bis zur Gegenwart." Deutsche Entomologische Zeitung, 515– 540.
1925 Die Binnengewässer Mitteleuropas; Stuttgart
1927 "Forschungsreisen und das System der Biologie." Zoologische Anzeiger 73, 245–253.
1928 Der Sauerstoff im eutrophen und oligotrophen See; Die Binnengewässer 4, Stuttgart
1931 Der Produktionsbegriff in der Biologie; Arch. Hydrobiol. 22, 616–622.
1939 Grundzüge einer allgemeinen Ökologie; ebda 35
1941 Leben und Umwelt; Leipzig
1951 "Vom Gebrauch und vom Mißbrauch der Gewässer in einem Kulturlande." Arch. Hydrobiol. 45, 557–583.
1954 "Lebenseinheiten." Abhandlungen des naturwissenschaftlichen Vereins Bremen 33, 303–326.
1955 Die Binnengewässer: Eine Einführung in die theoretische und angewandte Limnologie; Verständliche Wissenschaft 55, Berlin, Heidelberg und Jena.
1956 Leben und Umwelt: Vom Gesamthaushalt der Natur; Hamburg
1956 Die Binnengewässer; Stuttgart
1959 Erinnerungen und Tagebuchblätter eines Biologen; Ein Leben im Dienste der Limnologie; Stuttgart